Programi u okviru kojih je Direktorat za finansiranje i ugovaranje sredstava EU pomoći prepoznat kao ugovorno tijelo su:

- Operativni program “Razvoj ljudskih resursa” 2012-2013. Generalni cilj ovog Operativnog programa je usmjeren na promovisanje održivog razvoja ljudskih resursa, modernizacijom i razvojem sistema obrazovanja, obuka i istraživanja u Crnoj Gori, sa posebnim fokusom na zapošljavanje mladih. Ukupna vrijednost programa iznosi 5.803.344,00€;

- Godišnji akcioni program IPA-e za 2014. godinu. Strategija proširenja Evropske komisije za period 2013-2014 naglašava potrebu za bavljenjem temeljnim reformama na prvom mjestu. Šest prioriternih oblasti definisanih Indikativnim strategijskim dokumentom Crne Gore za Ipu 2014-2020 je predmet ovog Akcijskog programa, i to: i) Demokratija i upravljanje, ii) Vladavina prava i temeljna prava, iii) Životna sredina i klimatske akcije, iv) Saobraćaj, v) Konkurentnost i inovacije i vi) Poljoprivreda i ruralni razvoj. Ukupna vrijednost Programa kojim indirektno upravlja Direktorat za finansiranje i ugovaranje sredstava EU pomoći iznosi 18.250.000,00 €;

- Godišnji akcioni program IPA-e za 2016. godinu. Cilj navedenog programa je nastavak i dopuna aktivnosti započetih u okviru prethodnih programa podrške iz IPA II perspektive, sa fokusom na ekonomski rast i razvoj, odnosno pružanje podrške u oblastima zaštite životne sredine, klimatskih akcija, konkurentnosti i inovacija. Ukupna vrijednost Programa kojim indirektno upravlja Direktorat za finansiranje i ugovaranje sredstava EU pomoći iznosi 7.721.000,00 €;

- Program prekogranične saradnje Crna Gora - Albanija 2014-2020 ima za cilj unaprijeđenje standarda kvaliteta života ljudi, kroz ekološki održiv i društveno ekonomski razvoj regiona, uz podršku kulturnog i prirodnog nasljeđa. Ukupna vrijednost programa je 11,900,000,00 €;

- Program prekogranične saradnje Crna Gora-Kosovo 2014 – 2020. Opšti cilj programa je unaprijeđenje i jačanje dobrosusjedskih odnosa i društveno-ekonomskog razvoja granične zone, kroz vrijednovanje turističkih potencijala i ekološkog održivog razvoja. Ukupna vrijednost programa je 8,400,000,00 €;

- Sektorski operativni program za oblast zapošljavanja, obrazovanja i socijalne inkluzije 2015-2017 (SOPEES) Ukupna vrijednost ovog programa je oko 18 miliona eura, od kojih Direktorat za finansiranje i ugovaranje sredstava EU pomoći kao ugovorno tijelo sprovodi 17,2 miliona eura, dok ostatak sprovodi Direkcija javnih radova.