Програми у оквиру којих је Директорат за финансирање и уговарање средстава ЕУ помоћи препознат као уговорно тијело су:

- Оперативни програм “Развој људских ресурса” 2012-2013. Генерални циљ овог Оперативног програма је усмјерен на промовисање одрживог развоја људских ресурса, модернизацијом и развојем система образовања, обука и истраживања у Црној Гори, са посебним фокусом на запошљавање младих. Укупна вриједност програма износи 5.803.344,00€;

- Годишњи акциони програм ИПА-е за 2014. годину. Стратегија проширења Европске комисије за период 2013-2014 наглашава потребу за бављењем темељним реформама на првом мјесту. Шест приоритерних области дефинисаних Индикативним стратегијским документом Црне Горе за Ипу 2014-2020 је предмет овог Акцијског програма, и то: и) Демократија и управљање, ии) Владавина права и темељна права, иии) Животна средина и климатске акције, ив) Саобраћај, в) Конкурентност и иновације и ви) Пољопривреда и рурални развој. Укупна вриједност Програма којим индиректно управља Директорат за финансирање и уговарање средстава ЕУ помоћи износи 18.250.000,00 €;

- Годишњи акциони програм ИПА-е за 2016. годину. Циљ наведеног програма је наставак и допуна активности започетих у оквиру претходних програма подршке из ИПА ИИ перспективе, са фокусом на економски раст и развој, односно пружање подршке у областима заштите животне средине, климатских акција, конкурентности и иновација. Укупна вриједност Програма којим индиректно управља Директорат за финансирање и уговарање средстава ЕУ помоћи износи 7.721.000,00 €;

- Програм прекограничне сарадње Црна Гора - Албанија 2014-2020 има за циљ унапријеђење стандарда квалитета живота људи, кроз еколошки одржив и друштвено економски развој региона, уз подршку културног и природног насљеђа. Укупна вриједност програма је 11,900,000,00 €;

- Програм прекограничне сарадње Црна Гора-Косово 2014 – 2020. Општи циљ програма је унапријеђење и јачање добросусједских односа и друштвено-економског развоја граничне зоне, кроз вриједновање туристичких потенцијала и еколошког одрживог развоја. Укупна вриједност програма је 8,400,000,00 €;

- Секторски оперативни програм за област запошљавања, образовања и социјалне инклузије 2015-2017 (СОПЕЕС) Укупна вриједност овог програма је око 18 милиона еура, од којих Директорат за финансирање и уговарање средстава ЕУ помоћи као уговорно тијело спроводи 17,2 милиона еура, док остатак спроводи Дирекција јавних радова.